Antes de su elección, Miloš Zeman declaró que consideraba que los indultos y las amnistías eran «supervivencias feudales». Miloš Zeman en esa oportunidad dijo que no los concedería, o que sólo consideraría las peticiones de condenados incurables que desearan pasar el final absoluto de sus vidas en casa. Añadió, sin embargo, que los convictos no debían cometer delitos graves. Miloš Zeman llegó a firmar veintiséis indultos durante su mandato, a menudo violando sus propios principios.
Inmediatamente después de asumir el cargo, Zeman describió las amnistías o indultos como rasgos monárquicos innecesarios.
Nadie debería dar indultos
«En lo que a mí respecta, renuncio voluntariamente a estos derechos y me gustaría que la Constitución se modificara. En dicha modificación debería establecerse que ningún sucesor mío pueda abusar en modo alguno de la institución de la amnistía o el indulto». Eso dijo Miloš Zeman en la plaza Hradčany. Luego recordó esta proclama en su mensaje de Navidad del mismo año, pero añadió una tercera condición para un posible indulto. Según esa condición se le garantizaría el indulto a una persona que tuviera un familiar enfermo de gravedad para que se reuniera ella..
En 2015, la entonces ministra de Justicia, Helena Válková (ANO), pidió al presidente Zeman que considerara las condiciones. En esa oportunidad Helena Válková consideraba las normas de Miloš Zeman muy estrictas. Por lo que no le podía presentar casi ninguna propuesta de indulto. Miloš Zeman admitió entonces la posibilidad de flexibilizar los criterios sobre salud o antecedentes familiares. Pero dejo en claro que no daría marcha atrás en la condición que excluye a los autores de delitos especialmente graves.
Zeman ha concedido un total de 26 indultos en sus diez años como presidente.
El primer indulto llegó a los tres años de mandato

El primer indulto presidencial lo recibió en febrero de 2016 Pavel Mareš, que fue puesto en libertad para recibir tratamiento hospitalario debido a su estado de salud. Había sido condenado a tres años incondicionales por delitos menores contra la propiedad. Sobre Pavel Mareš pesaban concretamente 38 cargos de fraude empresarial, y cumplió parte de su condena.
El Presidente Zeman está siendo parco en indultos. El primero lo concedió este mismo año.
También en el segundo caso, Zeman indultó el resto de una condena y otras tres de aproximadamente veintinueve meses por motivos de salud. El indulto se concedió a iniciativa del Ministro de Justicia, Robert Pelikán (ANO). El tercer indulto también se concedió por motivos de salud.
Los cuatro indultos presidenciales siguientes se justificaron por la indisposición médica del condenado o por el cuidado de un familiar.
El indulto del caso Kajínek y la primera violación de sus propias condiciones
El octavo indulto de Zeman, que concedió en mayo de 2017 fue al asesino condenado a cadena perpetua Jiří Kajinek. Este indulto atrajo gran atención pública. A diferencia de los otros indultos, Kajínek no estaba gravemente enfermo; por el contrario, había sido castigado por un delito especialmente grave. La concesión del indulto suscitó un debate social sobre la pervivencia y la forma de este poder presidencial.
Zeman quería conceder indultos en casos humanitarios, por lo que la elección de Kajínek ha sido criticada por algunos políticos

Miloš Zeman Indultó a un hombre que mato a su mujer
A principios de marzo de 2018, el presidente indultó a un hombre que mató a su mujer y a su hijo en un accidente de tráfico. Según un comunicado del Castillo, aunque el hombre no cumplía la condición de grave estado de salud, Zeman consideró que su castigo adicional era innecesario y cruel. El hombre había estado en prisión por poner en peligro la vida bajo los efectos de una sustancia adictiva y homicidio por negligencia, y Zeman le remitió el resto de la condena. También tuvo en cuenta el hecho de que el hombre tenía un hijo menor que había perdido a su madre y hermanos.
Zeman concedió un décimo indulto en agosto de 2018 a un preso enfermo de cáncer que había sido castigado por abuso de poder, obstruir una decisión oficial y aceptar un soborno. Dos meses después, un hombre discapacitado que perdió ambas piernas y que iba a cumplir un año en prisión recibió el indulto. Al mismo tiempo, cesó su procesamiento por impago de pensión alimenticia.
Un indulto por una vida salvada
El Presidente concedió un indulto posterior en enero de 2020, de nuevo a un hombre con cáncer que tenía múltiples condenas incondicionales por hurto y robo. Una carta del Ministro de Justicia muestra que el hombre había cometido un total de 18 delitos, incluido el asesinato.
Zeman también hizo caso omiso de sus condiciones en el caso del decimotercer indulto que concedió en marzo de 2020 a un hombre que cumplía una condena de dos años por abandono de menores. El indulto fue iniciado por la entonces ministra de Justicia Marie Benešová (ANO). El indultado de la prisión de Příbram no lo había solicitado él mismo en el pasado. La razón, según Miloš Zeman, fue que el indultado había salvado la vida de otra persona prestándole primeros auxilios.
El Presidente Zeman indultó a un hombre con cáncer condenado por robo
En el mismo mes, también concedió el indulto a un joven sometido a un tratamiento prolongado contra un cáncer grave. Indultó dos condenas por delitos menores, la mayoría de carácter patrimonial.
Zeman se saltó sus propias normas varias veces
A mediados de diciembre de 2020, Zeman volvió a conceder clemencia al margen de las condiciones que había establecido. Se lo concedió a Daniel Vlachynsky, que había sido condenado por disturbios y lesiones graves. Las principales razones, según Zeman, fueron que el indultado había salvado a una mujer que se ahogaba, había desempeñado su trabajo de forma ejemplar y había llevado una vida ordenada hasta cometer el delito. El indulto fue propuesto de nuevo por la antigua titular del Ministerio de Justicia, Marie Benešová (ANO).
Miloš Zeman indulto a un hombre que había sido neligente
A principios de junio de 2021, el Presidente Zeman indultó a un hombre condenado por negligencia en la manutención de menores para permitirle cuidar de su hija menor. Este indulto lo otorgo despues de que madre fallecierá recientemente. El hombre tenía ocho antecedentes penales. Además de cuatro cargos por impago de la pensión alimenticia. Cabe destacr que ese mismo hombre también había sido condenado anteriormente por robo, hurto y conducir dos veces sin carné.
El vigésimo indulto fue para Pavel Podriužek
En septiembre de 2021, Zeman concedió su vigésimo indulto a Pavel Podroužek, un empresario de Olomouc que había sido procesado por robo de impuestos. Este empresari de había robado las tasas y pagos obligatorios similares, y también le perdonó una condena condicional de seis meses por poner en peligro la vida bajo los efectos de una sustancia adictiva. Podroužek tenía dos condenas previas por infracciones de tráfico. El motivo del indulto fue su mal estado de salud. En su momento, la Presidencia de la República lo publicó con cinco días de retraso.

La policia investigó el indulto de Podrouěk
La policía que investigó el indulto presidencial al empresario Podroužek no encontró delito alguno Indulto para Balak y la empresa constructora
El pasado mes de marzo, Zeman decidió indultar a Miloš Balák, ex director de la Administración Forestal de Lány. Balák salió del tribunal con una condena de prisión incondicional, una multa y la prohibición de ejercer su actividad. Balák no padecía ninguna enfermedad incurable, y en el juicio participaron la Oficina del Presidente de la República y su jefe, Vratislav Mynář.
Miloš Zeman defendió a Balák
Zeman defendió a Balák en los medios de comunicación, describiéndolo como un hombre íntegro de cuyo trabajo estaba muy satisfecho. La propia decisión sobre el indulto no contiene ninguna justificación. En un comunicado colgado en la web, el portavoz del Castillo, Jiří Ovčáček, afirma que «el presidente llegó a la conclusión de que la naturaleza del delito no era decisiva para la severidad de la pena, sino también dónde trabaja el condenado, un aspecto desconocido en el derecho penal.»
El indulto presidencial a Balak fue inaceptable, coincidieron los senadores. No pidieron a Zeman que abdicara
Indulto a dos polacos
En noviembre de 2022, Miloš Zeman concedió tres indultos en un mismo caso penal, remitiendo los restos pendientes de condenas de prisión incondicional, expulsión indefinida de la República Checa y confiscación de bienes a los Kordys y su acompañante, y una condena similar a su compañera. La pareja polaca fue condenada a ocho años de prisión por un delito de producción ilícita y otra disposición de estupefacientes y sustancias psicotrópicas y venenos. Los dos en el pasado habían realizado rituales con la bebida ayahuasca, altamente psicotrópica.
Jana Nečasova también fue indultada
La esposa del ex Primer Ministro Jana Nečasová (antes Nagyová) también fue indultada cuando Zeman le remitió el resto de la condena condicional impuesta en el caso de abuso de la inteligencia militar. Según los investigadores, Nagyová mandó pinchar los teléfonos de la ex esposa de Nečas. El indulto presidencial no se aplica a la condena de prohibición de actividad. Zeman decidió conmutar la pena de Nečas por haber transcurrido diez años desde los hechos y por su propia vida.
Milos Zeman concedio el último indulto a la empresa Energie stavení a báňská
Zeman concedió el último indulto justo al final de su mandato presidencial a la empresa Energie – stavební a báňská (ESB), a la que el tribunal prohibió participar en la contratación pública durante tres años en el caso de la influencia en el contrato de Lánská obora. Según su propia declaración, la empresa no pidió el indulto. Según su portavoz, Zeman tuvo en cuenta el hecho de que el castigo supuestamente afecta negativamente sobre todo a los empleados de la empresa y que ésta ya ha cumplido «una parte significativa de la condena»